肛窦炎和肛乳头炎都是肛门常见的疾病，但两者的发病部位和病情进展不同，具体情况如下：

发病部位：肛窦炎是指肛瓣与直肠柱围成凹陷处，即肛窦（肛隐窝），被细菌侵犯而出现充血、水肿等情况；肛乳头炎是指肛瓣与直肠柱相交处出现的乳头状凸起，受到损伤而发生炎症。

病情进展：肛乳头炎随着病情进展，可转为慢性或肛乳头发生纤维化、增生，从而可能造成肛乳头肥大。

这两种病变情况，临床症状有些类似，并且，这两种病变可互相影响，建议及早就医治疗，从而稳定病情，改善临床症状。