中国医学科学院阜外医院深圳医院（深圳市孙逸仙心血管医院）是经国家卫生健康委员会批准、由国家心血管病中心中国医学科学院阜外医院和深圳市政府联合创办的深圳市的唯一一所公立三级甲等心血管专科医院，是深圳市政府医疗卫生“三名工程”重点项目，国家区域医疗中心第四批项目建设单位。2018年11月，深圳市人民政府与国家心血管病中心 中国医学科学院阜外医院签订战略合作框架协议，中国医学科学院阜外医院全面托管深圳市孙逸仙心血管医院。医院第一名称为“中国医学科学院阜外医院深圳医院”，第二名称为“深圳市孙逸仙心血管医院”，加挂“国家心血管疾病临床医学研究中心•深圳”牌子。
中国医学科学院阜外医院深圳医院（深圳市孙逸仙心血管医院）【以下简称阜外医院深圳医院】位于深圳市南山区朗山路12号，占地面积22458.16平方米，建筑面积88470平方米，规划600张床位，医院诊疗内容除心内科、心外科等传统心血管项目外，还包含高血压、内分泌、肺血管等与心血管病紧密相关的学科项目。医院立足发展优势学科、细化心血管疾病亚专科，打造世界一流水平的心血管专科医院。
1986年由孙中山先生的孙女孙穗芳女士提议、经国家批准的深圳孙逸仙心血管外科医院正式立项。
1987年阜外医院与深圳市签署联合创办孙逸仙心血管外科医院暨中国医学科学院阜外医院深圳分院合同，时任阜外医院院长郭家强教授担任首任院长。
1988年深圳孙逸仙心血管外科医院举行奠基仪式。
1992年医院更名为孙逸仙心血管医院，时任阜外医院院长朱晓东教授代表阜外医院与医院签署了技术协作协议，任命外科主任沈宗林教授担任院长。阜外医院26位医生跟随沈宗林院长从北京来到深圳。11月医院正式开院。
2001年深圳市心血管病研究所挂牌，实行两块牌子，一套人员的管理体制。
2018年11月中国医学科学院阜外医院全面托管深圳市孙逸仙心血管医院，医院第一名称为“中国医学科学院阜外医院深圳医院”，第二名称为“深圳市孙逸仙心血管医院”，加挂“国家心血管疾病临床医学研究中心•深圳”牌子。
2019年深圳市人民政府将阜外医院深圳医院列为深圳市纳入国家布局承担重点疾病防治任务的医院。
2020年底医院设立国家心血管疾病临床医学研究中心·深圳。
2021年医院获批深圳市心血管病重点实验室。
2022年6月医院获批深圳市心血管病防治中心。
2022年6月28日医院成为广东省首家三级甲等心血管病医院。
2022年10月18日医院成功入选第四批国家区域医疗中心建设项目名单。
中国医学科学院阜外医院深圳医院旨在牢牢把握“健康深圳”“双区驱动” 的重大机遇，对标北京阜外医院，立足深圳，服务粤港澳大湾区，辐射南亚、东南亚，建设成为“国际先进、国内一流的高水平心血管疾病诊疗中心和全新机制的创新型临床医学研究中心”。专注三大发展目标转型升级，打造大湾区心血管疾病诊疗高地，心血管医学研究科技创新转化高地和健康生活方式医学的科研和转化高地。
