中国人民解放军总医院第六医学中心组建于2018年11月，前身为原海军总医院，是集卫勤、医疗、教学、科研、保健于一体的医学中心。
主要担负驻京海陆空三军101个体系单位6万余名军队人员和潜水、潜艇、航空兵等约1.8万余名海军特勤人员的医疗保障任务，以及5000余名师以上干部医疗保健任务。现设56个专业科室，包括高压氧科、神经外科、耳鼻喉科、眼科和空潜科5个国家临床重点专科，1个全军微创神经外科研究所，耳鼻喉、高压氧、航海航空医学和优生优育技术指导4个全军医学专科中心，腰椎间盘、结节病和视光学疾病3个全军医学专病中心，全军海战伤救治研究重点实验室和全军药理试验基地。年门急诊量130余万人次，年手术量1.5万例次。
拥有191名副高以上专家，119名博士、硕士研究生导师，38人享受政府特殊津贴，59人享受军队优秀专业技术人才岗位津贴。承担国家应急医学救援、全军援潜救生、医院船等7支成建制医疗队卫勤保障任务，先后圆满完成海河、淮河、黄河抗洪救灾，邢台、唐山、汶川抗震救灾，抗击非典、抵御禽流感，赴柬埔寨、菲律宾开展人道主义救援，以及原子弹氢弹核试验、护航行动、联合军演、“和平方舟医院船和谐使命2010-2017”系列医疗服务、南沙永暑礁医院帮建及医疗保障、我军驻吉布提保障基地医院筹建、航母海试和舰载机试验试飞生理心理保障等重大卫勤保障任务。
累计获国家和军队级各类奖项600余项，7次被评为“全军为部队服务先进医院”。涌现出“党的好女儿”冯理达，全国道德模范、国际南丁格尔奖章获得者王文珍和全国抗震救灾英雄集体等一大批全国先进典型。
