胃结石可能有较严重的并发症，主要是胃溃疡、出血、穿孔甚至癌变等。由于结石对胃黏膜的刺激和损伤，以及结石阻塞、嵌顿于幽门等所致胃潴留，均可引起胃黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡，严重者可发生穿孔及大出血，严重影响患者的健康。
此外，反复发作的胃石可导致胃食管反流、食管炎等并发症。而胃石长期存在于胃内还可能引起萎缩性胃炎、胃溃疡等胃部疾患，并有一定的癌变倾向。