大部分小儿病毒性脑炎经过治疗后基本能够完全痊愈，不留后遗症。但也有部分病毒性脑炎治疗比较困难，尤其是单纯疱疹病毒脑炎，可能会引起抽搐、意识障碍，可能导致侧裂周围脑出血、水肿、软化，即使通过治疗稳定病情、控制症状，也可能遗留后遗症，如难治性癫痫、运动功能障碍、认知功能障碍等。