肛窦炎一般不能自愈，需要通过治疗才能缓解或治愈。肛窦炎是由细菌感染肛窦引起的，与皮肤的毛囊炎类似，如果患者体质比较好，抗病能力比较强，通过自身的免疫能力，可以将细菌消灭，达到自愈效果。但如果患者体质比较差，抗病能力弱，不能通过自身免疫将细菌消灭，则肛窦炎可能会反复发作，不能自愈。