肾囊肿使用药物治疗疗效较差，一般不采用。
对于进行性增大并有压迫症状的肾囊肿和合并囊内感染的肾囊肿，可以在泌尿外科行手术治疗，一般是后腹腔镜肾囊肿去顶减压术。肾囊肿患者除了上述治疗外，生活中还应该注意：饮食上清淡饮食，避免高脂、高盐；预防泌尿系感染，多饮水，避免憋尿；避免外伤；控制血压、糖尿病；预防泌尿系结石。肾囊肿经手术治疗后可以治愈，但是随着年龄的增大，在肾脏的其他部位仍然可以发生囊肿性的病变。